Unter Annotation bezeichnet man im DMS-Umfeld eine separierbare Erweiterung zu einem Dokument, typischerweise in Form von Text oder Grafik. Annotationen werden häufig veränderbar genutzt, d.h. sie verändern nicht das Originaldokument, zu dem sie verknüpft sind, sondern lassen sich anfügen, ändern, wieder wegnehmen oder löschen. Manche Systeme gestatten beides: das Verändern von Annotationen und das endgültige „Verschmelzen“ von Annotation und Dokument. Annotationen werden häufig nicht innerhalb des Dokumentes, sondern als externes Objekt gespeichert und bei der Reproduktion zusammen mit dem Dokument angezeigt. Daher muss die ECM-Lösung auch die Information verwalten, an welcher Stelle des Dokumentes bzw. der Seiten die Annotationen anzuzeigen sind. Wird die Annotation dagegen als Teil des Objektes verwaltet (was bei PDF-Annotationen häufig die Standard-Implementierung ist und was einige Hersteller früher auch für TIFF-Dokumente implementiert haben), entsteht das Problem der Versionierungsnotwendigkeit des gesamten Dokumentes bei Änderungen und Ergänzungen von Annotationen bei Verwendung von Archivspeicherkonzepten, die ein Verändern von Binärinhalten nicht zulassen.